Los países en que la mayoría de los judíos vivieron en la Europa medieval fueron España y Alemania. Mientras los judíos que se difundieron en el mundo mediterráneo en torno a España se han llamado sefardíes, los judíos de Alemania y Europa Oriental se han llamado asquenazíes. Aunque los países principales de sefardíes en la época moderna se trasladaron a Imperio Otomano y Holanda, la superioridad de economía y popularidad tenida por sefardíes se mantuvo a través de la época moderna.
Los grandes movimientos de antijudaísmo tuvieron lugar al final de la época medieval, cuando España se enfrentó con la crisis del feudalismo. Al mismo tiempo, la imagen de los judíos empeoró; los judíos se consideraron los gentiles que usuraron e hicieron deicidio. En consecuencia, se mataron muchos judíos o se les obligó a convertirse. Los marranos no fueron pocos dentro de los conversos, porque muchos judíos se convirtieron por fuerza. El estatuto de sentencia, la premisa histórica de la limpieza de sangre, se promulgó en Toledo el año 1449; los conversos no podían ocupar cargos oficiales de las ciudades y la administración por tenerlo prohibido y ser ocupados por «viejos cristianos». La inquisición moderna fue fundada por los Reyes Católicos el año 1480 con la intención de tratar los problemas de judíos conversos. La integración religiosa por catolicismo fue la mayor premisa de la integración política y social de España, la nación mosaica separada por lenguas, religiones y etnias.
Como consecuencia de la expulsión, Estambul, la capital del Imperio Otomano, se transformó en una ciudad con más de 40.000 judíos el año 1545, apoyándose en la prosperidad económica del Imperio Otomano, la política religiosa tolerante a los judíos y la política de atraerlos. Estambul fue la ciudad con más judíos que ninguna ciudad del mundo en el siglo XVI. Los sefardíes vistos como dhimmi en el mundo islámico pudieron reconstruir las sinagogas y aljamas asegurándose la práctica de la religión y la autonomía a condición de que los sefardíes pagaran el impuesto y obedecieran a la ley islámica.
Los judíos influyentes de Estambul se dedicaron al comercio internacional con Europa, las finanzas y la recaudación, además de médicos y asesores de la corte, sirviendo al sultán. Mientras, los parientes judíos conversos estaban en las ciudades más importantes de comercio con Asia y América, Sevilla, Lisboa, Ámsterdam; muchos judíos expulsados residieron en las ciudades norteafricanas de Fez, Túnez, Argel. Los judíos pudieron desenvolver el comercio internacional de gran escala entre el Mediterráneo y el Atlántico utilizando la cadena de los parientes. El judío más representante es Josef Nasi, judío portugués que jugó un papel importante en el Imperio Otomano del siglo XVI. Los Nasi fueron judíos influyentes que desempeñaron cargos como médico de la corte y recaudador en el Reino de Castilla y la Corona de Aragón. Después de ser forzado a convertirse, fueron a Portugal y se hicieron los marranos más influyentes. Los Nasi buscaron el refugio en Estambul en la mitad del siglo XVI vía Amberes, Venecia temiéndose la inquisición.
Josef Nasi con muchos conocimientos de la información política económica y militar de Europa, se hizo asesor de la corte de Estambul bajo la protección de Solimán I. Obtuvo gran importancia en el reino de Selim II, porque desempeñó un papel importante en la sucesión del sultanato. Nombrado Duque de Naxos, de 1566 al 1579, Josef Nasi no solo ejerció cargos de gran importancia en la corte, sino también tuvo mucha influencia, aunque era judío. Josef Nasi protegido por el poder político, fundó una compañía junto con los musulmanes y se desenvolvió en el comercio internacional, la empresa financiera de gran escala.
Josef Nasi que conoció bien la situación y varias lenguas europeas, fue nombrado consejero diplomático y tomó parte en la Guerra de los Ochenta Años para sostener Holanda. Josef Nasi con conocimientos de la situación interior del Imperio Español, comprendió que la gran debilidad del Imperio Español estaba en la Guerra de los Ochenta Años, conocida en España como guerra de Flandes y en los Países Bajos como guerra de independencia de los Países Bajos . Por lo tanto, Josef Nasi teniendo los contactos con Guillermo de Orange y protestantes, dio los apoyos indirectos a Holanda en la Guerra, porque la independencia de Holanda no solo debilitó el Imperio Español, sino que se convirtió en un protectorado muy importante para los marranos perseguidos en la Península Ibérica. Al mismo tiempo Josef Nasi sustentó la segunda rebelión de los moriscos y realizó la ocupación de Chipre, una base estratégica en el Mediterráneo del Este. Sin embargo, la conquista de Chipre fue el detonante para la creación de la Liga de España, Venecia y el Papa contra Turquía y se produjo la derrota de Lepanto.
La mayoría de los judíos convertidos se adaptaron a la sociedad española católica como conversos, exponiéndose a la amenaza de la inquisición. Por otra parte, 70 mil judíos más o menos expulsados por el edicto de expulsión pudieron construir la cadena mundial después de establecerse en el mundo islámico y protestante. Los judíos pudieron construir esta cadena mundial que fue una parte de «World Modern System», porque los judíos fueron minorías en el mundo islámico y también en el mundo protestante.
Se produjo diariamente la discriminación y el prejuicio contra los conversos durante la época moderna, apoyándose en la inquisición, sostenida por «viejos cristianos». La Inquisición pudo desenvolver su actividad contra los conversos hasta la segunda mitad del siglo XVII o el primer cuarto del siglo XVIII. Después de la segunda mitad del siglo XVIII, la actividad de la inquisición declinó, porque los conversos acabaron de adaptarse a la sociedad española católica, pasados 250 años del edicto de la expulsión de los Reyes Católicos.
La crítica a la inquisición y la limpieza de sangre se vigorizó en el siglo XIX, la época del liberalismo, y fue abolida definitivamente el año 1834; la limpieza de sangre también fue abolida el año 1865. Así, la mayor base del antijudaísmo cristiano, España, dejó de serlo oficial y legalmente pero no socialmente como se pone de manifiesto en el bando Carlista que defendía la implantación, nuevamente, de la Santa Inquisición y el poder de la Iglesia, y, en el siglo XX, el Régimen autoritario del General Franco, Jefe del Movimiento y del Estado hasta su muerte, que defendía una tesis de la existencia de una confabulación judeo-masónica y comunista contra Occidente pero cuyo paso por las guerras en el protectorado de Marruecos y su contacto con los sefardies le convirtieron, según varias fuentes, en filo sefardi por el valor y la españolidad que demostraron en aquel conflicto.
Investigar las actividades de la Santa Inquisición en el Imperio español, es la única manera de saber cómo el poder de la Iglesia persiguió a los judíos y se convirtió en el elemento de control oficial contra los conversos y marranos en la época moderna pero no tiene el calado que tuvo algo tan importante como el Edicto de los Reyes Católicos sino para controlar a aquellos que se mostraban contrarios al orden tradicional de la Monarquia absoluta y no a aquellos que ya no existian en el Imperio, los judios. El «problema» de los judios en España quedó zanjado con su expulsión en 1492 de la Corona de Castilla y en la Corona de Aragón, en 1498 del Reino de navarra ordenada por el rey Juan III de Albret, bajo presión de los Reyes Católicos y en 1496 del reino de Portugal con Manuel I bajo presión de los Reyes Católicos.
