Régimen isabelino
El 19 de julio de 1837, bajo la Regencia de Maria Cristina, (Gaceta de Madrid de 23 de julio) se aprobó una amnistía por parte de las Cortes respecto a los actos políticos anteriores, de los cuales hubiera resultado o resultare responsabilidad penal contra españoles, pero, y esto es lo que más nos interesa en esta pieza, quedaban excluidos de la misma los que pertenecían a la “facción rebelde” o la “clase de los partidarios de la misma”. Los amnistiados tendrían que jurar ser fieles a la reina y guardar la Constitución que acaban de aprobar las Cortes, es decir, la de 1837. Así pues, se amnistiaba a los que habían cometidos delitos políticos en los turbulentos primeros años de la Regencia de María Cristina, con pronunciamientos y revueltas, especialmente para terminar con el régimen del Estatuto Real y la llegada de un nuevo proceso constituyente. Recordemos que en este período estaría la famosa sublevación de los sargentos de La Granja. Pero los carlistas no se beneficiaban de la amnistía porque se seguía en guerra. No olvidemos que en mayo había comenzado la denominada Expedición Real del pretendiente Carlos por varias regiones y llegando a las puertas de Madrid, hecho que tuvo lugar el 12 de septiembre, es decir, dos meses después de promulgada esta amnistía.
El Convenio de Vergara de 1839 estableció que los empleos, grados y condecoraciones carlistas serían reconocidos, pudieron seguir sirviendo los oficiales a Isabel II, eso sí, acatando la Constitución de 1837, o bien solicitar el retiro o la licencia temporal. Recibirían lo sueldos que les corresponderían. Todo esto se hacía extensible a los empleados civiles del ejército carlista. Independientemente de si se cumplió todo o parte del Convenio, en realidad, no se estaba hablando de amnistía ni de indulto, pero sí indirectamente de que no se procesaría a los militares de un ejército considerado como sublevado si acataban dicho Convenio.
Posteriormente, el gobierno de Espartero promulgó una amnistía el 30 de noviembre de 1840 (Gaceta de Madrid del 1 de diciembre) que incluía los delitos cometidos desde la promulgación de la anterior amnistía.
Tras la segunda guerra carlista en Cataluña entre 1846 y 1849, guerra de los matiners, los madrugadores, los carlistas fieles a su ideología tuvieron que sufrir el exilio, la deportación y la confiscación de algunas de sus propiedades. Finalizada la guerra, la mayoría emprendieron el camino del exilio acompañados, algunos, por sus familias. Otros se acogieron al indulto del gobierno y se dirigieron a su población e intentaron adaptarse a la nueva situación. Los indultos del gobierno no fueron tan generosos como parecían en un principio. Pronto advirtieron que no todos los sublevados serian tratados igual. El 8 de junio de 1849, el gobierno de Narváez, que había salido fortalecido por la derrota carlista, declaró una amplia amnistía e invitaba a todos los refugiados políticos a retornar a España. Se daba un mes de plazo a los exiliados para que se presentasen a las autoridades consulares españolas. Los carlistas que lucharon contra el gobierno habían de prestar juramento de fidelidad a la reina y a la Constitución para poder obtener el perdón. La represión fue dura y muchos guerrilleros sufrieron prisión o fueron deportados a otras localidades. Los que se encontraban en edad militar fueron enviados al ejército de Ultramar. En Valls, de cincuenta voluntarios que salieron de la ciudad durante el invierno de 1848, veinte, al final de la guerra, se los llevaron a Cádiz, y un tal Peco al ejército de Filipinas. Al tiempo que se decretaba una amnistía general, el gobierno ordenaba a todos los comandantes militares y a todos los alcaldes de los pueblos que tomasen toda clase de precauciones para la conservación del orden público y organizasen una estrecha vigilancia de todos los “…que se obstinen en desconocer la autoridad legítima del Gobierno de S. M. y de alimentar criminales esperanzas…”. El decreto advertía que todos los refugiados políticos tenían las puertas de la patria abiertas, pero era necesario vigilarlos con mucha atención por el peligro que suponían para la sociedad si se obstinaban en desconocer la autoridad legítima. Existía una mezcla intencionada y confusa entre el perdón y la amenaza. A pesar de las facilidades para regresar a España abundan medidas de control para los amnistiados procedentes de tierras francesas. El gobierno español pidió al francés el internamiento de los carlistas, residentes cerca de la frontera, para prevenir posibles insurrecciones en tierras catalanas. El gobierno terminaba el decreto de amnistía expresando el perdón de todos, la paz, la concordia y el olvido del pasado. Peor que el exilio fueron las deportaciones y las multas que sufrieron las familias que tuvieron algún pariente en las partidas. El duro bando del 14 de marzo impuso durísimas sanciones. Se señalaban las penas de prisión y deportación de las personas que no delataban los movimientos de los enemigos y que serían sancionadas con ocho reales diarios para el sostenimiento de un hombre en los tercios móviles. Si eran insolventes, tenía que librar el dinero el ayuntamiento del pueblo al que pertenecían. También se obligaban a los pueblos la elaboración de listados de todos rebeldes bajo pena de prisión.
No pasarían muchos años, en 1855, para levantar de nuevo la bandera tradicionalista y ponerse a las órdenes del tercer aspirante a la corona española, el futuro Carlos VII. El alzamiento carlista de 1855 fue un conflicto bélico que tuvo lugar en España, fundamentalmente en Cataluña, entre junio de 1855 y mediados de 1856. Se produjo seis años después de la guerra de los Matiners y fue la segunda intentona del conde de Montemolín, Carlos VI.
El 1 de abril de 1860 sucede lo que se denomina desembarco o intentona carlista de la Rápita u «Ortegada» al complot del general Jaime Ortega y Olleta, capitán general de Baleares, el 1 de abril de 1860 para proclamar al pretendiente carlista Carlos Luis de Borbón y destronar a la reina Isabel II, mediante el envío de una expedición militar a la península, cerca de la población de San Carlos de la Rápita (Tarragona).
El general Ortega, con el apoyo expreso del Cardenal y arzobispo de Toledo, Cirilo Alameda y Brea, el pretendiente Carlos Luis de Borbón y su hermano Fernando de Borbón, así como algunos militares y funcionarios, embarcó tres mil hombres de las guarniciones ubicadas en Baleares con destino a las cercanías del Delta del Ebro con la intención de provocar la sublevación de varios cuarteles en Cataluña y forzar la abdicación de Isabel II. Previamente, el general había sido aleccionado por elementos carlistas de que la reina abdicaría en el momento en que varias unidades se unieran a la sublevación. El alzamiento fracasó debido a la negativa de sus propios oficiales a secundarlo.
Tras la huida, el general Ortega es capturado cerca de Calanda. Juzgado por un Tribunal Militar en Consejo de Guerra y el 17 de abril es condenado a muerte por alta traición y fusilado en la mañana siguiente. El pretendiente Carlos y su hermano Fernando fueron también apresados por la Guardia Civil el 21 de abril de 1860, pero fueron amnistiados después por el gobierno a cambio de que ambos firmaran su renuncia al trono de España y sus derechos dinásticos, cosa que hicieron, siendo deportados a Francia.